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Christian Bonnet est diplômé de l’École Centrale de Paris (spécialité « matériaux ») en 1977. II a débuté sa carrière en 1978, au Groupement industriel des armements terrestres (GIAT) avant de rejoindre le CEA en 1981, à la direction des applications militaires où il a effectué la première partie de sa carrière, notamment dans les domaines de la métallurgie et de la mécanique des armes, sur les centres CEA de Bruyères-le-Châtel (Essonne) puis Valduc (Côte d’Or).
En 1997, il intègre la direction de l’énergie nucléaire du CEA, où il occupe plusieurs postes à responsabilité sur les centres de Cadarache et Marcoule.
Christian Bonnet a d’abord été chef du département d’études des combustibles de Cadarache, qui mène des recherches sur la définition, la fabrication et le comportement sous irradiation des combustibles utilisés pour la production d’électricité nucléaire. En 2002, il est nommé directeur adjoint du centre de Marcoule, en charge des programmes, de la sûreté, de la sécurité et de la qualité. Il a notamment piloté la mise en place des systèmes de management de la qualité et de l’environnement qui ont valu au centre de Marcoule d’être certifié dans les normes ISO 9001 puis ISO 14001.